fa دو مدل برنامه ریزی خطی دودویی برای مساله‌ی برهم‌گذاری هاپلوتایپ در حالت تریپلوئید تخصصي Special پژوهشي Research <span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">مساله‌ی برهم&shy; گذاری هاپلوتایپ عبارت است از یافتن هاپلوتایپ&shy; های منشأ تعدادی قطعه که از روش&shy; های توالی&shy; یابی به&shy; دست آمده&shy; اند. درحالت دیپلوئید که مربوط به جانداران جفت کروموزومی مانند انسان است، درپی یافتن دو هاپلوتایپ هستیم که هر کدام از خوانش&shy; ها از یکی از دو هاپلوتایپ نشأت گرفته باشند. این مساله در حالت دیپلوئید بسیار مورد مطالعه قرار گرفته و به&shy; دلیل </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">NP-hard</span></span></span><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;"> بودن &nbsp;به &shy;خاطر وجود خطاهای اجتناب&shy;&shy;&shy; ناپذیر دستگاه&shy; های توالی&shy; یابی، روش&shy; های دقیق حل آن از مرتبه‌ی نمایی هستند. به &shy;همین دلیل روش&shy; های سریع &shy;تر ولی تقریبی زیادی نیز برای آن ارایه شده &shy;اند. درحالت تریپلوئید درپی یافتن سه هاپلوتایپ هستیم به&shy; طوری که هر یک از خوانش &shy;ها نشأت گرفته از یکی از سه هاپلوتایپ باشند. حالت تریپلوئید بسیار مشکل &shy;تر از حالت دیپلوئید بوده و با چالش محاسباتی بیشتری مواجه است. به&shy; همین دلیل محققان کمتر به این مساله پرداخته&shy; اند. در این مقاله دو مدل برنامه &shy;ریزی خطی دودویی برای این مساله در دو حالت وجود و عدم وجود اطلاعات ژنوتایپ ارایه و کارایی محاسباتی آن&shy;ها به&shy; کمک نرم&shy; افزار </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">AIMMS</span></span></span><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;"> روی داده&shy; های شبیه&shy; سازی&shy; شده مورد مطالعه قرار می‌گیرند. مدل &shy;های ارایه شده قابلیت تعمیم به پلوئیدی&shy; های بالاتر را نیز دارند.</span></span> The haplotype assembly problem aims at finding originate haplotypes of some fragments that obtained from sequencing methods. In diploid case in which organisms have pair chromosomes, like humans, the aim is to reconstruct two haplotypes such that each of reads is originated from one of the two reconstructed haplotypes. In diploid case, the problem is well studied and since it is NP-hard due to unavoidable errors of sequencing machines, exact approaches are of exponential order. So, many fast, but approximate approaches have been proposed. In triploid case, the aim is finding three haplotypes such that each read originates from one of the three haplotypes. The triploid case is much harder than the diploid case and faces with more computational difficulties. For this reason, a few researchers studied the triploid case of haplotype assembly problem. In this paper, two binary linear programming models are proposed for two cases of availability and non-availability of genotype data for triploid haplotype assembly and the computational efficiency of the models is tested on simulated datasets using AIMMS. The proposed models could be generalized to higher ploidy. برهم گذاری هاپلوتایپ, مدل برنامه ریزی خطی دودویی, تریپلوئید, روش‌های دقیق Haplotype Assembly, Binary Linear Programming, Triploid, Exact Methods. 1 13 http://jamlu.lahijan.iau.ir/browse.php?a_code=A-11-815-3&slc_lang=fa&sid=1 M. Etemadi مریم اعتمادی etemadi.maryam@gmail.com 10031947532846008742 10031947532846008742 No Department of Applied Mathematics, Faculty of Mathematical Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran گروه ریاضی کاربردی، دانشکده علوم ریاضی، دانشگاه گیلان، رشت M. Bagherian مهری باقریان mbagherian@guilan.ac.ir 10031947532846008743 10031947532846008743 Yes Department of Applied Mathematics, Faculty of Mathematical Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran گروه ریاضی کاربردی، دانشکده علوم ریاضی، دانشگاه گیلان، رشت H. Vaziri حمیدرضا وزیری vaziri@guilan.ac.ir 10031947532846008744 10031947532846008744 No Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه گیلان، رشت